前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ雷門中学校に入学し雷門サッカー部に入部しかしサッカーは腐敗しあの頃の熱いサッカーはどこにもなかった突然渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たちそれが悲劇の始まりであったあの頃のサッカーを取り戻すため雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…
