西暦2042年地球上では突如現れた未知の巨大生物「擬態獣」と世界各国で開発されていた巨大ロボット達との戦いが繰り広げられていた
日本のスーパーロボット「ゴーダンナー」のパイロット・猿渡ゴオは後に「巨神戦争」と呼ばれるボス擬態獣との決戦においてパートナーであり恋人でもあったミラ・アッカーマンを失ってしまうだがゴオはそれと引き換えに1人の少女の命を救っていたその少女の名は葵杏奈
辛くも人類は戦いに勝利し5年の歳月が流れたしかし世界各地ではまだ擬態獣の亜種が生き残っておりスーパーロボット達との戦いは続いていた17歳の高校生となった杏奈はゴオと再会して恋に落ちいつしか2人は結婚を決意するだが結婚式当日日本に擬態獣が出現ゴオは式を途中で中断しゴーダンナーで出撃する
しかし杏奈はただ夫の帰りを待っているだけの女の子ではなかった 杏奈はゴーダンナーのパートナーロボット「ネオオクサー」に乗り込み自身も擬態獣との戦いに身を投じる 果たして2人は無事結婚することが出来るのか, そして世界の平和を守ることが出来るのか,
